对于自己用粉末配制培养液的实验室来说，配制培养液要使用重蒸馏水，以减少带入化学污染的机会。如果要添加NaHCO3，要选用纯度高的NaHCO3，最好是经过细胞培养测试的。
另外尽量使用一次性的细胞培养器皿。由于标准厂家一次性细胞培养器皿的生产环境比较严格，得到的产品洁净度很高，从而减少了由细胞培养器皿带入污染的机会。
由于一般的污染发生在细胞培养的操作过程中，所以良好的细胞培养操作环境和操作习惯是减少生物污染的关键。
要用一个专门的房间用于细胞培养，注意保持房间的清洁。
要有一个定期检验的合格的超净台（超净台内的洁净度应该为100级，与计算机硬盘的生产环境相当）。在使用超净台前开启通风装置并打开紫外灯灭菌30分钟。操作时要戴一次性橡胶手套，并喷洒70%酒精消毒。任何带入超净台的非无菌物件都要喷洒70%酒精消毒。收集废培养液的瓶子要加入漂白粉或漂白液，以避免微生物的生长。每次实验完后，要向通向废培养液瓶的塑料管内喷洒70%酒精，并且用蒸馏水和70%酒精先后擦拭台面（只用70%酒精擦拭会导致洒落在台面的培养液在台面上形成难以清除的污垢）。
不要在超净台里使用酒精灯等灯具，因为这样会因灯的热的火焰引起的空气对流而破坏超净台里本来规则的空气层流，使本来存在于超净台底层的微粒被带到上层，带来更多的污染机会。
加热培养液的37°C恒温水浴中非常容易有微生物的生长，从而成为一个重要的污染源。所以需要定期清洗恒温水浴。 细胞培养箱内的用于保持湿度的水盘也需要定期清洗。
为了减少不同细胞株间的相互污染，不要用同一瓶培养液或胰酶培养不同的细胞；不要在一个超净台上同时进行多种细胞的操作。
分装每次小量使用的溶液（如胰酶、抗生素、谷氨酸溶液），以减少多次使用时污染的机会。
即使再小心，污染难免还是会发生。所以得到一个新的细胞株后的第一件事情，是把细胞生长扩增后冻存起来，以备不测。